Program Magister dibidang Perencanaan Wilayah dan Perdesaan merupakan Program multidisiplin yang lebih menitikberatkan pada bidang kajian: pengelolaan potensi ekonomi sumberdaya dan wilayah desa perbatasan, pembangunan masyarakat di wilayah wetland serta penyuluhan dan komunikasi pembangunan perdesaan. Program Studi Magister Perencanaan Wilayah dan Perdesaan dalam menyelenggarakan pendidikan berdasarkan Izin Pembukaan Program Studi dari Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi Republik Indonesia No. 310/E/O/2021 pada tanggal 5 juli 2021.